谢邀，我是倮倮，我来宏观的回答一下：昆明和大理都是云南的兄弟城市，都是新中国后第一批历史文化名城。这里是只理性叙述发生过的历史脉络，不刻意比较优劣，（期望大伙理性看待）。
▲古滇博物馆成效图（互联网图片）
云南有两个，那就是昆明和大理，两个城市都有着辉煌的历史和文化，而且在历史上都做过云南的政治中心（郡治/首都/省会）是云南最有历史底蕴的两座双子星城市。历史上云南的统治中心，并非千篇一律的。历史脉络大致是，最早（前秦两汉时期）在今昆明区域滇池流域（王城/郡治），后来（三国魏晋南北朝）移至曲靖区域（郡治），又到(隋唐至两宋时期)的南诏国、大理国（首都），最后（元明清）又回昆明（省会）。
▲云南博物馆古滇青铜器（互联网图片）
是云南3000年青铜文明最耀眼的文明代表。初期范围为滇中区域（今昆明区域+今玉溪区域），楚将庄蹻建国后打败了滇西昆明族，权势扩展至滇西区域。
▲云南最古老的画《南诏图传》（互联网图片）
的彩云之南，是云南地方政权最强大的年代，疆域约79万平方公里（面积是目前云南面积（39万）的约一倍大，而且军事实力也不容小视，堪称区域小霸，外交游走于大唐和吐蕃两大国之间）。
历史脉络大致如下：
公元前475年—公元22024年
＊战国——秦——前/后汉
＊古滇王国王城 /郡治（益州郡）
＊楚将-庄蹻（第一代滇王）
＊ 昆明 最早是指滇西洱海流域的部落，而非地名。昆明 即在元朝时正式成为官方地名记载于史书中。
＊滇池区域拥有3000年的文明史，滇中区域湖泊海量（高原5大湖泊环布四周）加上宽阔的盆地等先天自然优势，让滇中滇池流域诞生了云南最早最悠久的。古滇先民率先结束茹毛饮血的游猎生活进入初级文明年代，成为当时云南相对一流的农耕民族。
＊（纪元前298～277年间）楚将庄蹻入滇征服当地土著后，返途被秦国所阻，索性建国筑城名为也称庄蹻故城（今晋宁区晋城镇），因此今昆明拥有2200多年的建城史有此开始。
先秦年代云南大致诞生了三个相对强大的地方权势，分别是：
1.滇中区域—古滇国（古滇人）
2.滇西北—昆明族部落（昆明人）
3.滇西南—古哀牢国（傣族先民）
▲庄蹻故城想象复原图（互联网图片）
▲益州郡地图（互联网图片）
公元22024年——公元589年
＊三国—两晋—南北朝
＊公元339年-公元794年
＊郡治（益州郡/建宁郡）
＊爨琛，（三国末期生人，跨越西晋，东晋时云南地方爨氏政权创建者）
▲爨宝子碑
▲建宁郡地图（互联网图片）
有爨、孟、李、董、雍、毛、朱、吕等大姓，为（公元前1世纪—公元4世纪两汉至东晋时期）定居南中区域的汉族豪强权势。
公元581—公元1279年
＊隋唐—五代十国—两宋
＊国家首都（南诏国/大理国）
＊皮罗阁 （彝族先民贵族政权）
＊段思平 （白族先民贵族政权）
今昆明（拓东城\鄯阐城）此时为东都，国家副中心。
大理 作为正式地方地名（洱海流域）始于元朝时，大理国原国都原名为
▲“蒙舍诏”发源地巍山
▲天龙八部影视城中的（大理王宫殿群）
▲南诏国时期是云南地方政权最强盛的时期（互联网图片）
公元1271年 — 今
＊元—明—清—民国—今，约700年】
＊行省省会
＊赛典赤-瞻思丁
▲云南第一任省长（互联网图片）
▲明朝云南府～府城-（互联网图片）
{前秦年代}：今晋宁区晋城镇——至——{两汉年代}：今晋宁区晋城镇 ——至——(魏晋南北朝年代}：今曲靖——至——今曲靖陆良县——至——今曲靖——至—— {南诏国时期}：（今大理市）——至——{大理国时期}（今大理市）——至——{蒙元时期}（今昆明区）——至——{明清时期}（今昆明区）——昆明县（民国）——昆明（民国）——地级昆明（今）
▲昆明老城小西门 晚清影像（互联网图片）
▲大理古城（互联网图片）
▲曲靖南城门（互联网图片）
昆明重新成为云南政治中心大致有以下缘由：＊1.昆明的地点绝佳，大致处于云南的中心地方偏东，便于全省统筹管理，( 云南多山古时候交通极为不便，为了降低行政本钱和效率，“居中而治”肯定是居中的昆明也就更容易遭到统治者的喜爱。还有在一个就是，昆明地理上比滇西的大理更挨近中原，与元大都往来更便捷，利于中央政府统治。)
▲元朝时期的云南行省地图（互联网图片）
＊2.昆明周围自然环境优越，坝子愈加宽阔，且周围湖泊海量，水利灌溉条件最好，利于农耕，（滇池、阳宗海、抚仙湖、星云湖等），古时候滇池流域之所以产生了云南最早的农耕民族古滇人和青铜文明，不能离开肥沃的土地和湖水的滋养，所以的粮食高产地在云南并不多。
▲整个滇池盆地约1000多平方公里（排除旱坝子）是云南最大的平原区域
＊3.古滇池是衰减性湖泊因此平均水位较浅，伴随历史的进步，古滇池水位也在不停的降低，唐朝时滇池面积约500里，到了近代，约330里。北岸大片丘陵和平地已露出水面，北岸平坝面积不断扩大。农耕和交通条件均优于空间相对狭小的滇池南岸，北岸取代南岸从此成为昆明区域城市进步的重点地区。自然条件的巨大改观，也让后续的统治者愈加看重滇池北岸的开发。南诏大理国年代作为东都的、在滇池北岸得到空前开发。到大理国末期，东都鄯阐城已进步成为滇中一座“商工颇众”的繁华城市，为后来政治中心转移奠定了基础。
▲滇池流域城市建设北岸代替南岸成为中心
▲古滇池水位变化图
＊4.为了统治，元朝在灭亡大理国后，并没对前朝皇族赶尽杀绝，而是在大理设立大理总管（段氏世���），为了防范和摆脱前朝大理国年代的影响，加大控制云南全局，搬迁行政中心到昆明区域无疑是最好的决定。
＊5.明朝时期很多中原人口迁入昆明，昆明汉族初次超越当地土著，明清大力并推行了改土归流，加大对西南边陲的控制。特别清朝将云贵总督署设置在昆明，不但提升了昆明的政治地位，而且很多的外来移民带来了中原文化，也促进了云南与中国大陆省份的经济文化交流，这无疑加大了昆明政治、经济、文化，的地位，而偏西的大理地位愈加边缘化，仅仅作为滇西重镇，再无力与昆明角逐。
▲清朝总督署分布图
▲云贵总督署旧址（今云南胜利堂）
总而言之，云南历史的行政区中心虽有变化，但相对稳定，并不算太频繁（相比其他省份譬如：河北的省会和广西首府好了解一下）做了500年王都/郡治和700年省会的昆明历史沉淀厚重，也导致了云南资源（经济、文化、医疗、教育）高度集中昆明，一城独大的格局。当然话又说回来，事务进步有两面性，大理虽然政治第一度降低，但也由于是民族自治州，大致保住了自己城市和民族的文化脉络和青山绿水，成为全国和云南最知名旅游城市之一，也算是塞翁失马焉知非福。（对比昆明城市进步特点的尽失。）